基于RNA-seq 技术的刺参转录组及温度应答基因表达谱研究

成果基本信息
关键词：	刺参;转录本测序;温度应答;基因表达谱;RNA-seq技术
成果类别：		技术成熟度：
体现形式（基础理论类）：		体现形式（应用技术类）：	无
成果登记号：	9372018J0114	资源采集日期：	2019-03-15

研究情况
单位名称：	山东省海洋资源与环境研究院	技术水平：
评价证书号：		评价单位：	山东省自然科学基金委员会
评价日期：	2018.05.21	评价证书号：

转化情况
转让范围：		推广形式：	无
已转让企业数（个）：	0

联系方式
联系人（平台）：	玉女士	联系人（平台）电话：	0771-5885053
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成果简介
项目针对刺参生长受环境温度限制问题，采用RNA-seq 技术，对常温、升温过程（17～33℃）的共10 个不同温度下刺参样品进行转录本测序，获得18 个刺参升温过程的应答基因表达谱数据库。18 个样本共116.35 G 数据，拼接获得转录本（transcripts）共41054 条，解析明确了刺参转录组的结构和特征，同时通过转录组比较分析和基因表达谱分析，克隆获得了一批对刺参响应温度变化等生命活动相关的重要基因，分析基因结构和功能，明确表达特征。通过差异表达基因的GO 功能富集分析、KEGG 代谢途径分析和差异基因的时空表达特征分析，解析了刺参响应温度变化的基因转录调控及代谢调控的关键问题。选取代表性基因DNA 甲基转移酶（DNMT1）、组蛋白去乙酰化酶（HDAC3）和组蛋白甲基转移酶（MLL5）为目的基因，对15～30℃不同高温和0～15h 不同时间胁迫下代表目的基因的表达调控进行了分析，探讨了刺参应答高温胁迫的分子调控机制。

成果名称：	基于RNA-seq 技术的刺参转录组及温度应答基因表达谱研究	关键词：	刺参;转录本测序;温度应答;基因表达谱;RNA-seq技术
成果类别：		一级分类名称：	农业生物技术
二级分类名称：	水产养殖	三级分类名称：
研究起止时间：	2013.10 至2016.10	成果体现形式（应用技术类）：	无
成果属性：		成果体现形式（基础理论类）：
技术成熟度：		技术水平：
研究形式：		学科分类1：
单位名称：	山东省海洋资源与环境研究院	学科分类2：
中图分类号1：		所属高新技术类别：
中图分类号2：		课题来源：
应用行业：		课题立项名称：
国家科技计划子类别：		课题立项编号：	ZR2013CM029
经费实际投入额（万元）：	10.00	评价单位：	山东省自然科学基金委员会
评价形式：	无	应用状态：	无
评价日期：	2018.05.21	转让范围：
评价证书号：		推荐单位：	山东省海洋与渔业厅
推广形式：	无	成果登记号：	9372018J0114
成果简介：	项目针对刺参生长受环境温度限制问题，采用RNA-seq 技术，对常温、升温过程（17～33℃）的共10 个不同温度下刺参样品进行转录本测序，获得18 个刺参升温过程的应答基因表达谱数据库。18 个样本共116.35 G 数据，拼接获得转录本（transcripts）共41054 条，解析明确了刺参转录组的结构和特征，同时通过转录组比较分析和基因表达谱分析，克隆获得了一批对刺参响应温度变化等生命活动相关的重要基因，分析基因结构和功能，明确表达特征。通过差异表达基因的GO 功能富集分析、KEGG 代谢途径分析和差异基因的时空表达特征分析，解析了刺参响应温度变化的基因转录调控及代谢调控的关键问题。选取代表性基因DNA 甲基转移酶（DNMT1）、组蛋白去乙酰化酶（HDAC3）和组蛋白甲基转移酶（MLL5）为目的基因，对15～30℃不同高温和0～15h 不同时间胁迫下代表目的基因的表达调控进行了分析，探讨了刺参应答高温胁迫的分子调控机制。
联系人：	李斌	成果登记日期：	2018-05-21
联系人email：		单位代码：	93700143
邮政编码222：	264006	联系人电话：	0535-6384106
单位传真：	0535-6958166	单位通讯地址：	山东省烟台市经济技术开发区长江路216号
单位所在省市：		单位电话：	0535-6958166;6958160
转让收入（万元）：	0	单位属性：
合作完成单位：		已转让企业数（个）：	0
成果发布年份：	2018	知识产权形式：
成果完成人：	孙国华;杨建敏;韦秀梅;任利华;王卫军;冯艳微;李根瑞;李尚俊	资源采集日期：	2019-03-15

基于RNA-seq 技术的刺参转录组及温度应答基因表达谱研究

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