本项目利用计算数学、生物信息技术以及系统生物学理论，结合现代生物分析技术，包括多维液相分离技术/质谱联用等高通量蛋白质分析鉴定技术、原位定向分子仿生合成技术和生物功能色谱技术，构建了蛋白质检测及其相互作用的分析技术平台。主要取得了以下进展：针对蛋白质的高灵敏度检测，发展了通用性和选择性的样品富集技术，实现了蛋白质/ 多肽的富集；发展了基于抗体展示文库的新型蛋白质平衡器技术，通过缩小样品的动态分布范围，将复杂样品的蛋白质检出数目提高了近3倍；通过发展缓冲溶液在线交换接口，可将样品中的盐浓度降低2个数量级。针对复杂样品的分离，构建了基于循环体积排阻色谱的多维色谱系统、集成化多维液相色谱和毛细管电泳蛋白质分离鉴定平台，并利用2D-SEC-RPLC找到了和20个和帕金森病相关的蛋白质。发展了基于固定化人工膜的生物功能色谱和化学蛋白质组技术的小分子与蛋白质相互作用研究新方法。在信息整合与理论研究方法，构建了信息整合系统BioIR系统；实现了蛋白质－蛋白质结合位点的预测和氨基酸的多态性与蛋白质性能关系的判别；实现了小分子与蛋白质相互作用的计算机模拟优化。

　　本项目利用计算数学、生物信息技术以及系统生物学理论，结合现代生物分析技术，包括多维液相分离技术/质谱联用等高通量蛋白质分析鉴定技术、原位定向分子仿生合成技术和生物功能色谱技术，构建了蛋白质检测及其相互作用的分析技术平台。主要取得了以下进展：针对蛋白质的高灵敏度检测，发展了通用性和选择性的样品富集技术，实现了蛋白质/ 多肽的富集；发展了基于抗体展示文库的新型蛋白质平衡器技术，通过缩小样品的动态分布范围，将复杂样品的蛋白质检出数目提高了近3倍；通过发展缓冲溶液在线交换接口，可将样品中的盐浓度降低2个数量级。针对复杂样品的分离，构建了基于循环体积排阻色谱的多维色谱系统、集成化多维液相色谱和毛细管电泳蛋白质分离鉴定平台，并利用2D-SEC-RPLC找到了和20个和帕金森病相关的蛋白质。发展了基于固定化人工膜的生物功能色谱和化学蛋白质组技术的小分子与蛋白质相互作用研究新方法。在信息整合与理论研究方法，构建了信息整合系统BioIR系统；实现了蛋白质－蛋白质结合位点的预测和氨基酸的多态性与蛋白质性能关系的判别；实现了小分子与蛋白质相互作用的计算机模拟优化。