本研究于1998-2007年连续十年对深圳地区手足口病的重要病原--肠道病毒71型（简称EV71）和柯萨奇病毒A16（简称CA16）进行监测，掌握深圳地区流行的EV71和CA16的遗传学背景和种系进化关系，病毒变异规律和进化发展趋势，同时研制出EV71和CA16的核酸诊断试剂，为我国手足口病的流行病学调查及其预防控制提供科学依据。 本研究对862例手足口病等肠道病毒疑似病例粪便标本进行RT-PCR检测，其中CA16阳性率为19.72%（170/862），EV71阳性率为4.52%（39/862），说明深圳地区手足口病的病原主要为CA16。CA16全年的发病率均维持在较高的水平，在2岁和3岁组的感染率较高；EV71的流行季节在每年的2月和3月份，1岁组的感染率较高。 本研究对深圳地区不同年份19株肠道病毒71型和41株柯萨奇病毒A16基因特征进行研究，对EV71分离株从5|UTR到VP1区长约3.2Kbp 的核苷酸序列进行测定，并且登陆GeneBank。发现CA16和EV71病毒变异主要存在于外壳蛋白，其中又以VP1区变异最为明显，非结构蛋白相对保守。分析VP1和VP4核苷酸序列可以看出，首次发现深圳地区的EV71属于C基因型中的C4亚型。深圳CA16存在B、C两个基因型，但以C基因型为主。通过与东南亚和国内其他地区的分离株进行基因进化分析，为深圳地区EV71和CA16的溯源提供了科学依据，同时为我国进行手足口病病原学研究提供较为丰富的基因库数据。 在国内首次完成CA16 SHZH00-1文库构建和全基因组结构分析，并完成EV71SHZH98、 SHZH03全基因组序列测定，并提交GeneBank，还进行数据分析、同源性分析和遗传进化分析，不仅有助于阐CA16和EV71基因组结构与功能的关系，而且为病毒生物学特性的研究提供一个完整、清楚的分子生物学背景，为制定手足口病的预防控制策略及其治疗等的研究奠定基础，填补了国内空白。 本研究建立了快速、特异的检测EV71和CA16核酸检测技术，转让给深圳太太基因工程有限公司，并且产业化，可用于临床早期诊断。在国内率先用表达的VP1蛋白进行EV71的血清学研究，发现5岁以下儿童为EV71的易感人群。本研究成果为国内的研究提供了经验，对随后发生的手足口病疫情的病原学诊断和治疗起到指导性作用。

本研究于1998-2007年连续十年对深圳地区手足口病的重要病原--肠道病毒71型（简称EV71）和柯萨奇病毒A16（简称CA16）进行监测，掌握深圳地区流行的EV71和CA16的遗传学背景和种系进化关系，病毒变异规律和进化发展趋势，同时研制出EV71和CA16的核酸诊断试剂，为我国手足口病的流行病学调查及其预防控制提供科学依据。 本研究对862例手足口病等肠道病毒疑似病例粪便标本进行RT-PCR检测，其中CA16阳性率为19.72%（170/862），EV71阳性率为4.52%（39/862），说明深圳地区手足口病的病原主要为CA16。CA16全年的发病率均维持在较高的水平，在2岁和3岁组的感染率较高；EV71的流行季节在每年的2月和3月份，1岁组的感染率较高。 本研究对深圳地区不同年份19株肠道病毒71型和41株柯萨奇病毒A16基因特征进行研究，对EV71分离株从5|UTR到VP1区长约3.2Kbp 的核苷酸序列进行测定，并且登陆GeneBank。发现CA16和EV71病毒变异主要存在于外壳蛋白，其中又以VP1区变异最为明显，非结构蛋白相对保守。分析VP1和VP4核苷酸序列可以看出，首次发现深圳地区的EV71属于C基因型中的C4亚型。深圳CA16存在B、C两个基因型，但以C基因型为主。通过与东南亚和国内其他地区的分离株进行基因进化分析，为深圳地区EV71和CA16的溯源提供了科学依据，同时为我国进行手足口病病原学研究提供较为丰富的基因库数据。 在国内首次完成CA16 SHZH00-1文库构建和全基因组结构分析，并完成EV71SHZH98、 SHZH03全基因组序列测定，并提交GeneBank，还进行数据分析、同源性分析和遗传进化分析，不仅有助于阐CA16和EV71基因组结构与功能的关系，而且为病毒生物学特性的研究提供一个完整、清楚的分子生物学背景，为制定手足口病的预防控制策略及其治疗等的研究奠定基础，填补了国内空白。 本研究建立了快速、特异的检测EV71和CA16核酸检测技术，转让给深圳太太基因工程有限公司，并且产业化，可用于临床早期诊断。在国内率先用表达的VP1蛋白进行EV71的血清学研究，发现5岁以下儿童为EV71的易感人群。本研究成果为国内的研究提供了经验，对随后发生的手足口病疫情的病原学诊断和治疗起到指导性作用。