一、课题来源与背景 伤寒、甲型副伤寒是一种急性消化道传染病，传染源为病人及带菌者，传播途径主要为粪—口传播，人群普遍易感。其病原体为伤寒沙门菌及甲型副伤寒沙门菌。由于经济快速发展导致的流动人口猛增及卫生设施的相对落后、卫生习惯较差等原因，近年来杭州地区发生了多起伤寒、甲型副伤寒的暴发与流行，其中有的区县反复多次暴发甲型副伤寒，已成为严重的公共卫生问题。如何控制伤寒、甲型副伤寒的流行是疾病控制工作中的突出问题，而鉴别传染来源与追踪传播途径又是其中重要的一环。传统的伤寒、甲型副伤寒流行病学研究方法，主要通过对菌株的形态学、血清学和生化反应特性等表型特征进行研究，在病原菌分型上主要有血清学分型、噬菌体分型等，通过这些特征结合流行病学资料综合分析。这种研究方法，虽然有其优点，但只能从株、血清型上去分析，在针对同一血清型的不同来源菌株的鉴定时，就表现出了较大的局限性。随着对细菌感染研究的日益深入，传统的细菌表型分型技术已经不能满足流行病学研究的需要。 二、技术原理及性能指标 为了明确近年来杭州地区各种来源的伤寒、甲型副伤寒沙门菌的分子特征以及在杭州地区流行的优势菌型，分析菌株的变迁，课题对近年杭州地区分离到的伤寒、甲型副伤寒沙门菌进行了分子分型，并初步建立了数据库，以便将来发生伤寒、甲型副伤寒疫情时将菌株分型的结果即时与数据库内的分型资料进行比对，确定菌株之间的亲缘关系，为传染源的溯源提供实验室线索，为有效地干预控制伤寒、甲型副伤寒的发生提供依据。同时课题还对伤寒、甲型副伤寒沙门菌分子分型与耐药型之间的关系进行了研究，并用分子分型方法来鉴定通过表型难以鉴定的沙门菌。 三、技术的创造性与先进性 1.国内外首次联合应用PFGE、MLVA、MLST三种分子分型方法对伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌进行了分子分型，初步建立了杭州地区伤寒、甲型副伤寒沙门菌分子分型数据库。 2.国内首次在MLST官方网站（http：//mlst.ucc.ie/）登记了伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌的MLST型别（菌株号分别为HZ-15、Hangzhou-7、Hangzhou-31、Hangzhou-4、Hangzhou-333）。 3.国内外首次提出与之前研究发现所不同的伤寒沙门菌MLVA分型中TR3位点扩增的目的片段大小与串联重复序列的拷贝数不呈正相关的原因。 4.对杭州地区分离到的伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌的分子特征进行了研究，了解近年来杭州地区流行的伤寒、甲型副伤寒的分子特征，并与东南亚、南美、非洲的菌株进行了对比研究。 5.发现杭州市2002～2008年的甲型副伤寒疫情可能由同一克隆系的菌株主导。 6.就目前积累的资料发现伤寒、甲型副伤寒菌株PFGE、MLVA、MLST型别与耐药型之间无统计学意义。 7.国内首次联合应用PFGE、MLST两种分型方法用于协助沙门菌鉴定。 四、技术的成熟程度，适用范围和安全性 1.MLVA方法具有高的分辨力，揭示了杭州2006～2008年31株分离自散发疫情的伤寒沙门菌与东南亚国家的菌株存在着一定的遗传距离；MLST分型结果则提示杭州菌株与东南亚、南美和非洲菌株共有相同的型别，杭州目前伤寒沙门菌的优势型别还是ST2和ST1。 2.发现了与之前研究发现所不同的伤寒沙门菌MLVA分型中TR3位点扩增的目的片段大小与串联重复序列的拷贝数不呈正相关的原因。 3.发现杭州市2002～2008年的甲型副伤寒疫情可能由同一克隆系的菌株主导。 4.伤寒沙门菌在TR1、TR2、TR3、Sal02这四个位点的多态性程度较高，可以作为今后伤寒沙门菌MLVA检测的位点。甲型伤寒沙门菌在Sal02位点的多态性程度较高，可以作为今后甲型副伤寒沙门菌MLVA检测的位点。 5.PFGE、MLVA、MLST三种分型方法稳定可靠。 6.可以利用分子分型技术来协助鉴定通过表型鉴定难以区分的沙门菌。 五、应用情况及存在的问题 研究成果为了解近年杭州地区伤寒、甲型副伤寒沙门菌分子特征及伤寒、甲型副伤寒的预防和控制提供了科学依据，具有较大的社会效益和间接的经济效益。 应进一步收集伤寒、甲型副伤寒沙门菌，并将其分型入库，以进一步完善该分子分型数据库。 六、历年获奖情况 1.参与《细菌性食物中毒病原的分子快速鉴定和筛检技术的研究》课题，获2009年杭州市科技进步三等奖。 2.参与《细菌性食物中毒病原分子快速筛检技术研究》课题，获2008年省医药卫生科技创新三等奖。 3.参与《霍乱弧菌等肠道致病菌分子耐药机制研究》课题，获2007年杭州市科技进步二等奖。 4.参与《杭州地区临床及环境来源副溶血弧菌的毒力基因特征和分子分型的研究》课题，获2006年杭州市科技进步三等奖。

一、课题来源与背景 伤寒、甲型副伤寒是一种急性消化道传染病，传染源为病人及带菌者，传播途径主要为粪—口传播，人群普遍易感。其病原体为伤寒沙门菌及甲型副伤寒沙门菌。由于经济快速发展导致的流动人口猛增及卫生设施的相对落后、卫生习惯较差等原因，近年来杭州地区发生了多起伤寒、甲型副伤寒的暴发与流行，其中有的区县反复多次暴发甲型副伤寒，已成为严重的公共卫生问题。如何控制伤寒、甲型副伤寒的流行是疾病控制工作中的突出问题，而鉴别传染来源与追踪传播途径又是其中重要的一环。传统的伤寒、甲型副伤寒流行病学研究方法，主要通过对菌株的形态学、血清学和生化反应特性等表型特征进行研究，在病原菌分型上主要有血清学分型、噬菌体分型等，通过这些特征结合流行病学资料综合分析。这种研究方法，虽然有其优点，但只能从株、血清型上去分析，在针对同一血清型的不同来源菌株的鉴定时，就表现出了较大的局限性。随着对细菌感染研究的日益深入，传统的细菌表型分型技术已经不能满足流行病学研究的需要。 二、技术原理及性能指标 为了明确近年来杭州地区各种来源的伤寒、甲型副伤寒沙门菌的分子特征以及在杭州地区流行的优势菌型，分析菌株的变迁，课题对近年杭州地区分离到的伤寒、甲型副伤寒沙门菌进行了分子分型，并初步建立了数据库，以便将来发生伤寒、甲型副伤寒疫情时将菌株分型的结果即时与数据库内的分型资料进行比对，确定菌株之间的亲缘关系，为传染源的溯源提供实验室线索，为有效地干预控制伤寒、甲型副伤寒的发生提供依据。同时课题还对伤寒、甲型副伤寒沙门菌分子分型与耐药型之间的关系进行了研究，并用分子分型方法来鉴定通过表型难以鉴定的沙门菌。 三、技术的创造性与先进性 1.国内外首次联合应用PFGE、MLVA、MLST三种分子分型方法对伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌进行了分子分型，初步建立了杭州地区伤寒、甲型副伤寒沙门菌分子分型数据库。 2.国内首次在MLST官方网站（http：//mlst.ucc.ie/）登记了伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌的MLST型别（菌株号分别为HZ-15、Hangzhou-7、Hangzhou-31、Hangzhou-4、Hangzhou-333）。 3.国内外首次提出与之前研究发现所不同的伤寒沙门菌MLVA分型中TR3位点扩增的目的片段大小与串联重复序列的拷贝数不呈正相关的原因。 4.对杭州地区分离到的伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌的分子特征进行了研究，了解近年来杭州地区流行的伤寒、甲型副伤寒的分子特征，并与东南亚、南美、非洲的菌株进行了对比研究。 5.发现杭州市2002～2008年的甲型副伤寒疫情可能由同一克隆系的菌株主导。 6.就目前积累的资料发现伤寒、甲型副伤寒菌株PFGE、MLVA、MLST型别与耐药型之间无统计学意义。 7.国内首次联合应用PFGE、MLST两种分型方法用于协助沙门菌鉴定。 四、技术的成熟程度，适用范围和安全性 1.MLVA方法具有高的分辨力，揭示了杭州2006～2008年31株分离自散发疫情的伤寒沙门菌与东南亚国家的菌株存在着一定的遗传距离；MLST分型结果则提示杭州菌株与东南亚、南美和非洲菌株共有相同的型别，杭州目前伤寒沙门菌的优势型别还是ST2和ST1。 2.发现了与之前研究发现所不同的伤寒沙门菌MLVA分型中TR3位点扩增的目的片段大小与串联重复序列的拷贝数不呈正相关的原因。 3.发现杭州市2002～2008年的甲型副伤寒疫情可能由同一克隆系的菌株主导。 4.伤寒沙门菌在TR1、TR2、TR3、Sal02这四个位点的多态性程度较高，可以作为今后伤寒沙门菌MLVA检测的位点。甲型伤寒沙门菌在Sal02位点的多态性程度较高，可以作为今后甲型副伤寒沙门菌MLVA检测的位点。 5.PFGE、MLVA、MLST三种分型方法稳定可靠。 6.可以利用分子分型技术来协助鉴定通过表型鉴定难以区分的沙门菌。 五、应用情况及存在的问题 研究成果为了解近年杭州地区伤寒、甲型副伤寒沙门菌分子特征及伤寒、甲型副伤寒的预防和控制提供了科学依据，具有较大的社会效益和间接的经济效益。 应进一步收集伤寒、甲型副伤寒沙门菌，并将其分型入库，以进一步完善该分子分型数据库。 六、历年获奖情况 1.参与《细菌性食物中毒病原的分子快速鉴定和筛检技术的研究》课题，获2009年杭州市科技进步三等奖。 2.参与《细菌性食物中毒病原分子快速筛检技术研究》课题，获2008年省医药卫生科技创新三等奖。 3.参与《霍乱弧菌等肠道致病菌分子耐药机制研究》课题，获2007年杭州市科技进步二等奖。 4.参与《杭州地区临床及环境来源副溶血弧菌的毒力基因特征和分子分型的研究》课题，获2006年杭州市科技进步三等奖。