本项目属于基础医学和预防医学领域。 病毒性传染病（HIV-1、SARS等）严重危害人类生存健康。病毒的遗传进化规律、分子流行病学及检测技术的发展对了解病毒致病机制、预防和控制其传播和流行有重要作用，对维护人类的健康和国家稳定发展意义重大。1.研究了SARS-CoV跨种传播的适应性机制，发现病毒S蛋白在跨种传播过程中经历逐步适应的进化过程。在跨种传播早期和中期，正选择分别主要作用于S蛋白的受体识别的区域和膜融合区域，而在后期则受到很强的负选择压力。这说明负责识别受体的S蛋白是病毒跨种传播的关键，在跨种传播中经历由强到弱的正选择压力，反映了动物源性病毒跨种传播到人类的适应性进化规律；2.B|亚型是中国流行的主要HIV-1亚型，因1990年代非法采/卖血行为在华中地区的贫困卖血者中流行。通过对所有HIV-1 B|毒株的系统进化和分子特征的综合分析，从全球角度阐明了HIV-1 B|毒株起源于1985年左右，发现B|毒株传播速率较其他主要HIV-1流行毒株传播迅速，但近年又趋于减缓的分子进化规律；3.重组是HIV-1进化的另一主要方式，不同亚型在同一高危人群的流行是产生重组的先决条件。分析江苏男同性恋人群，发现该人群的HIV-1感染率快速上升，并且3种中国主要HIV-1流行亚型B|、CRF01_AE和CRFs_BC具有相似的流行比例。规范重组分析方法的参数，并首次在江苏鉴定了一个全新的CRF01/CRF07的重组型。首次发现HIV-1基因组特定区域的碱基次序决定的高茎环潜能在HIV-1亚型间重组的产生过程中扮演重要角色；4.HIV-1细胞嗜性是HIV-1致病机制的关键所在，感染者体内HIV-1的细胞嗜性是感染者疾病状况的重要指标。首次利用随机森林算法，建立了基于V3序列的HIV-1细胞嗜性预测的生物信息学软件，其准确率高于国外其他方法。分析中国流行的3种主要亚型的细胞嗜性，发现61.1%的B|、38.7%的CRF1_AE和所有的CRFs_BC都是R5型，并且CRFs_BC的V3序列比B|和CRF01_AE亚型V3具有更高的进化同质性。这意味着当我国采用的一、二线抗AIDS药物出现耐药性时，新型的CCR5拮抗剂类抗AIDS药物将是关键的备选药物；5.首次建立了基于SYBR Green Ⅰ的独特的相对实时定量方法，可用于HIV-1核酸及基因表达的相对定量，该方法不需要制备定量标准品，既经济又省时省力。另外，改进HIV-1中和抗体检测的方法，为HIV-1中和抗体检测提供一个物美价廉的方法。 该项目共发表26篇论文（16篇被SCI 收录）。发表论文共计被引用256次，其中被SCI和英文期刊引用85次（他引69次），被中文引用172次（他引159次）。其中被病毒学和微生物学领域影响力较大的刊物(IF＞3)他引31次。编写HIV-1细胞嗜性预测软件1个。关于SARS-CoV进化的论文在BMC Microbiol发表后，很快被评为了Highly accessed 论文，并分别被该领域的著名刊物：Nat Rev Microbiol，Lancet Infect Dis、Microbiol Mol Biol Rev、Ann Rev Genom Hum Genet、PloS Path、J Virol,Cladistics、Crit Rev Cl Lab Sci、BMC Evol Biol、Virology、Vet Res等引用。

本项目属于基础医学和预防医学领域。 病毒性传染病（HIV-1、SARS等）严重危害人类生存健康。病毒的遗传进化规律、分子流行病学及检测技术的发展对了解病毒致病机制、预防和控制其传播和流行有重要作用，对维护人类的健康和国家稳定发展意义重大。1.研究了SARS-CoV跨种传播的适应性机制，发现病毒S蛋白在跨种传播过程中经历逐步适应的进化过程。在跨种传播早期和中期，正选择分别主要作用于S蛋白的受体识别的区域和膜融合区域，而在后期则受到很强的负选择压力。这说明负责识别受体的S蛋白是病毒跨种传播的关键，在跨种传播中经历由强到弱的正选择压力，反映了动物源性病毒跨种传播到人类的适应性进化规律；2.B|亚型是中国流行的主要HIV-1亚型，因1990年代非法采/卖血行为在华中地区的贫困卖血者中流行。通过对所有HIV-1 B|毒株的系统进化和分子特征的综合分析，从全球角度阐明了HIV-1 B|毒株起源于1985年左右，发现B|毒株传播速率较其他主要HIV-1流行毒株传播迅速，但近年又趋于减缓的分子进化规律；3.重组是HIV-1进化的另一主要方式，不同亚型在同一高危人群的流行是产生重组的先决条件。分析江苏男同性恋人群，发现该人群的HIV-1感染率快速上升，并且3种中国主要HIV-1流行亚型B|、CRF01_AE和CRFs_BC具有相似的流行比例。规范重组分析方法的参数，并首次在江苏鉴定了一个全新的CRF01/CRF07的重组型。首次发现HIV-1基因组特定区域的碱基次序决定的高茎环潜能在HIV-1亚型间重组的产生过程中扮演重要角色；4.HIV-1细胞嗜性是HIV-1致病机制的关键所在，感染者体内HIV-1的细胞嗜性是感染者疾病状况的重要指标。首次利用随机森林算法，建立了基于V3序列的HIV-1细胞嗜性预测的生物信息学软件，其准确率高于国外其他方法。分析中国流行的3种主要亚型的细胞嗜性，发现61.1%的B|、38.7%的CRF1_AE和所有的CRFs_BC都是R5型，并且CRFs_BC的V3序列比B|和CRF01_AE亚型V3具有更高的进化同质性。这意味着当我国采用的一、二线抗AIDS药物出现耐药性时，新型的CCR5拮抗剂类抗AIDS药物将是关键的备选药物；5.首次建立了基于SYBR Green Ⅰ的独特的相对实时定量方法，可用于HIV-1核酸及基因表达的相对定量，该方法不需要制备定量标准品，既经济又省时省力。另外，改进HIV-1中和抗体检测的方法，为HIV-1中和抗体检测提供一个物美价廉的方法。 该项目共发表26篇论文（16篇被SCI 收录）。发表论文共计被引用256次，其中被SCI和英文期刊引用85次（他引69次），被中文引用172次（他引159次）。其中被病毒学和微生物学领域影响力较大的刊物(IF＞3)他引31次。编写HIV-1细胞嗜性预测软件1个。关于SARS-CoV进化的论文在BMC Microbiol发表后，很快被评为了Highly accessed 论文，并分别被该领域的著名刊物：Nat Rev Microbiol，Lancet Infect Dis、Microbiol Mol Biol Rev、Ann Rev Genom Hum Genet、PloS Path、J Virol,Cladistics、Crit Rev Cl Lab Sci、BMC Evol Biol、Virology、Vet Res等引用。