课题组针对蛋白质组学最基础的问题—基于质谱技术的规模化蛋白质鉴定中的数据分析，在肽序列质谱图匹配相似性度量、质谱图预处理、蛋白质翻译后修饰类型发现、规模化蛋白质鉴定的专用搜索引擎设计和实现技术等方面取得了创新成果，在此基础上独立研制了我国第一个也是唯一一个蛋白质及其翻译后修饰的规模化鉴定系统pFind，已在京沪主要蛋白质组研究中心示范应用并在2008年ABRF国际蛋白质鉴定数据分析评测中崭露头角，不仅完成了计划任务，而且超出了预期。 科学发展趋势表明，信息技术正在成为生命科学必不可少的研究手段。特别是2001年后，随着人类基因组测序计划的完成，基因组学研究走向深入，蛋白质组学逐渐成为生命科学研究新的生长点，其规模化的特点所导致的计算挑战催生了“计算蛋白质组学”这个新的交叉学科分支，在2008年前后国际学术界对此形成共识。该课题作为973项目《生命科学若干前沿与交叉问题研究》中唯一一个生命科学与信息技术交叉的课题，从立项到结题，同步经历了计算蛋白质组学从无到有的发展过程，为未来进一步发展这一新的交叉学科方向奠定了坚实的基础，非常好地实现了立项目标。 课题组提出的质谱图匹配相似性打分算法、质谱图预处理算法、蛋白质翻译后修饰类型发现算法、蛋白质数据库索引技术和鉴定流程技术等，具有较大的创新性和实用性，在知名国际期刊上发表的学术论文得到了国际同行的引用和正面评价；所开发的蛋白质鉴定软件系统pFind在精度、速度和易用性上达到甚至超过了国际商业软件例如SEQUEST的水平。

课题组针对蛋白质组学最基础的问题—基于质谱技术的规模化蛋白质鉴定中的数据分析，在肽序列质谱图匹配相似性度量、质谱图预处理、蛋白质翻译后修饰类型发现、规模化蛋白质鉴定的专用搜索引擎设计和实现技术等方面取得了创新成果，在此基础上独立研制了我国第一个也是唯一一个蛋白质及其翻译后修饰的规模化鉴定系统pFind，已在京沪主要蛋白质组研究中心示范应用并在2008年ABRF国际蛋白质鉴定数据分析评测中崭露头角，不仅完成了计划任务，而且超出了预期。 科学发展趋势表明，信息技术正在成为生命科学必不可少的研究手段。特别是2001年后，随着人类基因组测序计划的完成，基因组学研究走向深入，蛋白质组学逐渐成为生命科学研究新的生长点，其规模化的特点所导致的计算挑战催生了“计算蛋白质组学”这个新的交叉学科分支，在2008年前后国际学术界对此形成共识。该课题作为973项目《生命科学若干前沿与交叉问题研究》中唯一一个生命科学与信息技术交叉的课题，从立项到结题，同步经历了计算蛋白质组学从无到有的发展过程，为未来进一步发展这一新的交叉学科方向奠定了坚实的基础，非常好地实现了立项目标。 课题组提出的质谱图匹配相似性打分算法、质谱图预处理算法、蛋白质翻译后修饰类型发现算法、蛋白质数据库索引技术和鉴定流程技术等，具有较大的创新性和实用性，在知名国际期刊上发表的学术论文得到了国际同行的引用和正面评价；所开发的蛋白质鉴定软件系统pFind在精度、速度和易用性上达到甚至超过了国际商业软件例如SEQUEST的水平。