在植物表达载体构建过程中，常常采用花椰菜花叶病毒35S启动子调控卡那霉素抗性基因的表达，通过农杆菌共同整合到植物的染色体上，然后在植物细胞中表达，使转化成功的细胞具有卡那霉素抗性，因此，通过含有卡那霉素的培养基中培养植物的外植体可以筛选出转基因植株。然而，由于含植物表达载体的农杆菌具有一定的卡那霉素抗性，在植物转化过程中，卡那霉素只能作为抗性植物的筛选压力，不能用它杀灭残存的农杆菌细胞，在抗性植株筛选过程中必须外加其他抗生素。另一个更为重要的因素是：转基因植物中利用卡那霉素等抗生素作为筛选标记，对环境构成了很大的压力。科学家担心抗性基因可能通过微生物在自然界蔓延，很多人类的病原菌经过基因重组、交换和转移可以获得这些抗性基因，导致抗生素类药失去效果，最终威胁到人类自身健康。带内含子的卡那霉素抗性基因不但可以用来替换卡那霉素抗性基因作为转化体抗性筛选，而且比卡那霉素抗性基因更具优点：⑴ 在转化过程中，不需加入其它抗生素即可完成植物转化体选择和杀灭残存农杆菌的双重目的，并且提高了转化体的抗生素抗性，防止了其它抗生素对转化的影响，提高了转化效率。⑵ 该基因在原核细菌中没有活性，消除了抗性基因对环境的污染。

在植物表达载体构建过程中，常常采用花椰菜花叶病毒35S启动子调控卡那霉素抗性基因的表达，通过农杆菌共同整合到植物的染色体上，然后在植物细胞中表达，使转化成功的细胞具有卡那霉素抗性，因此，通过含有卡那霉素的培养基中培养植物的外植体可以筛选出转基因植株。然而，由于含植物表达载体的农杆菌具有一定的卡那霉素抗性，在植物转化过程中，卡那霉素只能作为抗性植物的筛选压力，不能用它杀灭残存的农杆菌细胞，在抗性植株筛选过程中必须外加其他抗生素。另一个更为重要的因素是：转基因植物中利用卡那霉素等抗生素作为筛选标记，对环境构成了很大的压力。科学家担心抗性基因可能通过微生物在自然界蔓延，很多人类的病原菌经过基因重组、交换和转移可以获得这些抗性基因，导致抗生素类药失去效果，最终威胁到人类自身健康。带内含子的卡那霉素抗性基因不但可以用来替换卡那霉素抗性基因作为转化体抗性筛选，而且比卡那霉素抗性基因更具优点：⑴ 在转化过程中，不需加入其它抗生素即可完成植物转化体选择和杀灭残存农杆菌的双重目的，并且提高了转化体的抗生素抗性，防止了其它抗生素对转化的影响，提高了转化效率。⑵ 该基因在原核细菌中没有活性，消除了抗性基因对环境的污染。